宁波市轨道交通工作机构包括宁波市轨道交通工程建设指挥部和宁波市轨道交通集团有限公司，二者统分结合、统筹运作。指挥部于2007年底正式成立，为市政府直属正局级事业单位，集团公司于2006年底注册成立，为市国资委出资的国有独资企业，统一指挥轨道交通建设的各项工作，并承担法定主体责任，履行轨道交通工程的投资、运营和物业投资开发等职能。集团公司下设宁波市轨道交通集团有限公司运营分公司和宁波市轨道交通物产置业有限公司，运营分公司负责全市所有轨道交通线路的运营，物产置业公司负责全市轨道交通地块等相关产业的开发与经营。